食品经营许可证和卫生许可证在多个方面存在显著的区别，主要可以归纳为以下几点：
一、发证机构不同
食品经营许可证：由市场监督管理部门颁发。该证件主要用于监管食品销售环节，包括食品的销售质量、食品经营场所的环境卫生以及从业人员的健康状况等。
卫生许可证：由卫生健康行政部门颁发。它主要针对食品生产和加工环节，监管食品的生产、储存、运输、销售等环节的卫生质量。需要注意的是，随着相关法律法规的更新，食品卫生许可证现在已经被食品生产许可证、食品流通许可证、餐饮服务许可证所代替，但这些证件与卫生许可证在监管对象和目的上仍有所不同。
二、证件性质和目的不同
食品经营许可证：是一种经营许可凭证，旨在确保食品经营者具备从事食品销售和餐饮服务活动的合法资质，并经过食品药品监督管理部门的审查批准。它代表了该主体具备从事相应食品经营活动的资质和条件。
卫生许可证（及其替代证件，如食品生产许可证、食品流通许可证等）：则是一种卫生许可凭证，主要证明单位和个人从事食品生产及餐饮店的经营活动时，已经通过了卫生行政部门的卫生条件审查。这些证件的主要目的是确保食品在这些环节中符合卫生标准，防止食品污染和食品安全问题的发生。
三、适用范围和监管内容不同
食品经营许可证：适用于从事食品销售，包括预包装食品、散装食品等各类食品的销售活动，以及提供餐饮服务，包括各类餐馆、快餐店、小吃店等提供就餐场所和食物制作服务的经营活动。它更侧重于食品销售环节的管理，包括食品的来源是否合法、食品的质量是否合格、销售场所的卫生状况是否达标等。
卫生许可证及其替代证件：则更广泛地涵盖了食品的生产、加工、储存、运输等环节。它们的主要关注点是确保食品在这些环节中符合卫生标准，防止食品受到污染。
四、证件种类与用途不同
食品经营许可证和卫生许可证及其替代证件是两种不同的证件，具有不同的形式和内容。在实际经营活动中，根据具体的业务类型和监管要求，经营者可能需要持有这两种证件（或其替代证件），以确保合法合规经营。
食品经营许可证和卫生许可证在发证机构、证件性质和目的、适用范围和监管内容以及证件种类与用途等方面都存在明显的区别。食品经营者在开展业务时，需根据自身的业务类型和实际情况，申请并获取相应的证件，以确保合法合规经营。
