由于电池包水冷散热冷却装置在运行的过程中，防尘网和冷凝器翅片是很容易吸附灰尘和杂物，若长时间不清理，就会影响机器的散热性能。
这时，若是长时间不清洗保养，就会导致电池包水冷散热冷却装置的制冷效果降低。要想电池包水冷散热冷却装置能够正常运作，延长使用寿命，提高电池包水冷散热冷却装置运行的制冷效果，显然需要定期维护和保养。
此时，机油不会聚集在冷凝器中，而是通过膨胀阀进入蒸发器。油会粘在蒸发器换热铜管上，导致蒸发器蒸发效果差，蒸发器内压力低。压缩机的吸入过热度很低，甚至制冷剂液体直接吸入蒸发器，压缩机排出的温度很低，油和制冷剂无法分离，这样的恶性循环会使所有的油聚集在蒸发器中，由于供油不足，压缩机会发出巨大的噪音，甚至电池包水冷散热冷却装置油分离器的油位报警也会停机。
电池包水冷散热冷却装置的油分离器中没有油的痕迹，所有的油随着排气进入冷凝器。如果水温继续偏低，所有的油都会聚集在冷凝器中，膨胀阀也会被堵塞。由于液体供应不足，蒸发器中的压力将开始下降，直到低压警报停止。
电池包水冷散热冷却装置运行时，如果工作环境室温温度过高，会对电池包水冷散热冷却装置的正常散热有一定的影响，从而降低电池包水冷散热冷却装置的制冷效率。建议在使用过程中，也要注意环境温度对它运行效率的影响。
制冷量不足，与冷却设备的选型不符。一般客户在选型的时候，有可能会根据自身的使用经验来购买电池包水冷散热冷却装置，但也有部分用户购买电池包水冷散热冷却装置时选型不符，导致制冷量跟不上设备的发热量，无法有效对设备实现控温，这时则需要通过更换更大制冷量的电池包水冷散热冷却装置来解决。