孢子粉是灵芝发育后期弹射释放出来的种子，生物学上称为担孢子，集中起来后呈粉末状，通称灵芝孢子粉。它的利用和研究是近几年来新发现的。孢子粉在自然环境下收集非常困难，大约出产100公斤椴木灵芝才能收集1公斤孢子粉，每个孢子直径只有5~8微米，孢子内含有比灵芝更丰富的多糖肽、腺嘌呤核苷、蛋白质、酶、三萜类、有机锗、微量元素等特殊成份。
种子植物的花粉和苔藓、蕨类植物的孢子是植物生殖器官，不同的植物有不同形态特点。花粉、孢子的外壁有抗酸、抗生物分解的特性，在地层中能够长期保存。通过对地层中的孢粉分析，可以重建该地区古代植被区系、群落和种群等特点以及植被的时序演替和空间变化；特定种类的花粉分析，如水稻等，可以解析农业等人类活动展开以及研究人地关系；土壤花粉组合也能提供古代水域生态系统中植物群落特点和沉积环境等方面的信息。
