霉菌不但给人类身体健康造成巨大危害，对人们的生活、生产活动造成极大的经济损失。霉菌对卫生医疗、制药、化妆品、种植业、精密制造、科学实验室、餐饮酒店等行业造成了巨大的危害和经济损失。以食品行业为例，霉菌会造成食品腐败变质，是造成食品工业巨大经济损失的主要腐败微生物。霉菌污染频繁出现在食品、饮料、海产品、肉制品、熟食和新鲜的蔬菜中，每年都会给生产者和消费者造成极大的经济损失。
霉菌除了会引起肉眼可见的腐败变质外，还会产生一些真菌毒素类物质，目前研究已经确定有超过200种霉菌在食品中生长时会产生对人体有害的物质，主要有黄曲霉毒素类、串珠镰刀菌素、赫曲霉毒素、棒曲霉素、单端孢煤烯类和玉米赤霉烯酮六大类。由于这些霉素具有致癌致畸形、对神经、肝肾也有毒害作用，这些腐败真菌给食品工业造成了巨大经济损失，也对公众的健康构成了极大危害。
